Para alterar os dados que cumpram com uma determinada condição fazer:

No exemplo abaixo coloca-se a 55 todos os dados onde o id estava a 40.

df$id[df$id == 40] <- 55

Para alterar os dados que cumpram várias condições fazer:

No exemplo abaixo coloca-se a 60 todos os dados onde o id estava a 55 e era masculino.

df$id[df$id == 55 & df$gender == 'm'] <- "60"